Die Europäische Kommission hat am 19. Dezember 2011 ihren Vorschlag zur Modernisierung der Richtlinie über die Anerkennung von Berufsqualifikationen, KOM(2011) 883 endg. vorgelegt. Der BFB hat insbesondere die stark verkürzten Bearbeitungsfristen ohne Möglichkeit von Fristhemmungen, die im Gegensatz zur Rechtsprechung des Europäischen Gerichtshofs erweiterte Form der partiellen Berufsanerkennung sowie die Ausgestaltung der gemeinsamen Ausbildungsrahmen und -grundsätze kritisiert. Am 20. November 2013 ist die Richtlinie 2013/55/EU zur Änderung der Berufsanerkennungsrichtlinie 2005/36/EG verabschiedet worden. Deren Inkrafttreten am 17. Januar 2014 folgte eine zwei Jahre währende Umsetzungsphase. Hierbei ging es insbesondere um die Einführung des elektronischen Berufsausweises, den gemeinsamen Ausbildungsrahmen, den Vorwarnmechanismus sowie die Durchführung der „Transparenzinitiative“ und die damit zusammenhängenden Nationalen Aktionspläne der Mitgliedstaaten.
Weiterhin wurden mit der Berufsanerkennungsrichtlinie für den Bereich der reglementierten Berufe erleichterte Voraussetzungen für die vorübergehende und gelegentliche grenzüberschreitende Erbringung von Dienstleistungen innerhalb der Europäischen Union eingeführt. Die Richtlinie 2013/55/EU war bis zum 18. Januar 2016 in nationales Recht umzusetzen. Das Bundeskabinett hat am 14. Oktober 2015 den Entwurf eines Gesetzes zur Umsetzung der geänderten Berufsanerkennungsrichtlinie in deutsches Recht beschlossen. Das Gesetz schafft die Grundlagen zur Ausstellung des Europäischen Berufsausweises für Apotheker, Gesundheits- und Krankenpfleger und Physiotherapeuten. Für Rechtsanwälte, Patentanwälte sowie unter das Rechtsdienstleistungsgesetz fallende Berufe aus anderen EU-Staaten sollen die Modalitäten für ihre Berufsanerkennung in Deutschland an neue europäische Standards ebenfalls durch den Gesetzesentwurf vom 5. September 2016 angepasst werden (BT-Drs. 18/9521).
Der BFB hatte die 2011 begonnene Reform der Richtlinie mit mehreren Stellungnahmen aktiv begleitet.